Erstmals wird Fischbachau in der Freisinger Tradition urkundlich erwähnt, als die Gräfin Haziga (Hedwig) um 1078/1080 von dem Freisinger Bischof Meginward im Tauschwege diesen Freisinger Besitz zu Fischbachau erwarb. Anlass für diesen Tausch war, das von Gräfin Haziga einige Jahre vorher in Bayrischzell gegründete Benediktinerkloster weiter talwärts zu verlegen, wo sich das beginnende Leitzachtal freier auszubreiten begann. Durch diesen Grundstückstausch entstand die Hofmark Fischbachau, damals "Viscpachisowa" (Au am fischreichen Bach) genannt.
Gräfin Haziga ließ unmittelbar nach dem Erwerb der Fischbachauer Güter eine Kirche bauen, die im Jahre 1087 geweiht wurde. Es handelt sich um die jetzige "Maria-Schutz-Kirche" in der Mitte unseres Friedhofes. Die Weihe dieser Kirche ist auch das erste konkrete Datum, mit dem der Name Fischbachau verbunden ist.
Die ersten Ansiedlungen in unserer Gegend erfolgten aber schon der Zeit um das Jahr 900 durch die Bajuwaren, also nach der Kelten- und Römerzeit. Die Stammesbildung der Bajuwaren war am Ende des 5. Jahrhunderts vollzogen. Charakteristisch für die ältesten bajuwarischen Ansiedlungen sind die sog. "ing-Orte". So ist der Gemeindeteil Pötzing der südlichste "ing-Ort" im Leitzachtal.
1733/34 wurde das ehemalige Klostergebäude Fischbachau in der heutigen Form neu aufgebaut und dient der Gemeinde seit 1974 als Verwaltungsgebäude.